Suonenjoen alueelta Koskeloveden Saunaniemestä on löytynyt asutukseen viittaavia kampakeraamisia löytöjä jotka on ajoitettu ajalle n. 2500–2000 eaa. Alueella liikkui tuolloin kuitenkin lähinnä pohjoiseen vaeltavia lappilaisia.Suonenjoen arvellaan toimineen Pähkinäsaaren rauhan 1323 rajamerkkinä. 1500- ja 1600-luvuilla alueelle alkoi kerääntyä pikkuhiljaa enemmän väestöä, ja 1700-luvulla Suonenjoelle perustettiin ensin rukoushuonekunta, sitten kappeliseurakunta. Vuonna 1811 kappeliseurakunta liittyi Rautalammin kirkkopitäjään jonka seurauksena hallinto keskittyi Kuopioon aikaisemman Pieksämäen sijasta. Nykyisellä taajama-alueella Suonenjoen ylittävät sillat rakennettiin jo varhain, Kruununsilta oli olemassa jo 1780 ja joen alkupäässä sijaitsevan Siioninsillan paikalla oli silta 1830-luvulla.Suonenjoen saadessa kuntaoikeudet vuonna 1865 oli asukasluku noin 4 000. Samana vuonna valmistui myös Suonenjoen nykyinen kirkko, joka korvasi ahtaaksi jääneen 1700-luvun lopulla rakennetun ensimmäisen kirkon. Suonenjoelle rakennettiin rautatieasema Savon radan valmistumisen yhteydessä vuonna 1889. Myös Iisveden sivuradalle rakennettiin asema samoihin aikoihin. 1900-luvun alkupuolella sahateollisuus nousi alueen tärkeimmäksi elinkeinoksi. Mansikanviljely yleistyi 1940-luvulta lähtien, ja Suonenjoki tuli tunnetuksi mansikkakaupunkina.Suonenjoen yhteiskoulu aloitti toimintansa 1930, ja nykyiseen lukiorakennukseen se siirtyi 1950. Rakennukseen rakennettiin tilanpuutteen vuoksi vielä lisäsiipi vuonna 1956 ja koulun nimeksi tuli Suonenjoen yhteislyseo.
